Der Organbegriff in der TCM unterscheidet sich wesentlich von dem der westlichen Medizin. In der TCM werden die menschlichen Organe als funktionelle Einheiten (Funktionskreise) betrachtet, denen jeweils eine Körperschicht, ein Sinnesorgan, ein innerer krank machender Faktor (ein Gefühl), ein äußerer krank machender Faktor (Witterungseinflüsse) und anderes zugeordnet werden.

Insgesamt werden in der TCM sechs Yang-Funktionskreise (fu) und fünf Yin-Funktionskreise (zang) unterschieden. Ihnen werden alle biologischen Funktionen und krankhaften Entgleisungen zugeordnet. Jedem Funktionskreis werden etwa 25 Merkmale oder typische krankhafte Entgleisungen zugeschrieben wie zugehörige Gewebe, Funktionen, Körperöffnungen, Sinnesorgane, Tages- und Jahresrhythmus oder Anfälligkeit für krankheitsauslösende Faktoren. Die verschiedenen Funktionskreisläufe greifen ineinander über und zu jedem Funktionskreis gehört ein ganzes System von Leitbahnen,  über die der entsprechende Funktionskreis erreicht werden kann.

Ein weiteres theoretisches Grundmuster bilden die sogenannten fünf Wandlungsphasen: Holz, Feuer, Erde, Metall, Wasser sind in dieser Reihenfolge in einem Zyklus verbunden. Ein Element „nährt“ dabei das folgende. Feuer nährt demnach das Holz, Holz nährt die Erde und so weiter. Die TCM spricht von den „Fünf Wandlungsphasen“.

Jedem Element ist dabei ein Funktionskreis zugeordnet: Holz steht für die Leber, Feuer für das Herz, Erde für die Milz, Metall für die Lunge, Wasser für die Nieren. Mit Hilfe dieses Modells lässt sich erklären, wie Krankheiten im Körper entstehen beziehungsweise sich fortsetzen. Ist das Element Erde (Funktionskreis Milz) geschwächt, wird demnach früher oder später auch das folgende Element – Metall (Funktionskreis Lunge) – in Mitleidenschaft gezogen.